Eğitim sistemindeki en büyük eksiklik konusu, pek çok uzman, araştırmacı ve eğitimci tarafından tartışılan ve farklı görüşlerin olduğu bir konudur. Ancak genel olarak, eğitim sistemindeki en büyük eksikliğin şunlar olduğu söylenebilir:

- Sürdürülebilir olmayan eğitim politikaları: Eğitim sistemi, bakanlara, YÖK başkanlarına ve siyasi gündeme göre sık sık değişiyor. Bu da eğitimin istikrarını, kalitesini ve verimliliğini olumsuz etkiliyor.

-Sınav odaklı eğitim anlayışı: Eğitim sistemi, öğrencileri sadece sınavlara hazırlamaya yönelik bir yapıya sahip. Bu da öğrencilerin merak, yaratıcılık, eleştirel düşünme gibi becerilerini geliştirmelerini engelliyor.

- Nitelikli öğretmen ve yönetici eksikliği: Eğitim sisteminde, öğretmen ve yönetici yetiştirme, atama, değerlendirme ve geliştirme süreçleri yetersiz ve liyakate dayalı değil. Bu da eğitimin niteliğini ve öğrencilerin başarısını düşürüyor.

- Fiziki ortam ve kaynak yetersizliği: Eğitim sisteminde, okulların fiziki koşulları, teknolojik donanımı, laboratuvar, kütüphane, spor ve sanat alanları gibi imkanları yeterli değil. Bu da öğrencilerin eğitim olanaklarından eşit şekilde yararlanmalarını ve yeteneklerini geliştirmelerini kısıtlıyor.

- Eğitimde fırsat eşitsizliği: Eğitim sisteminde, öğrencilerin sosyo-ekonomik durumu, cinsiyeti, etnik kökeni, coğrafi konumu gibi faktörler, eğitime erişim ve başarı üzerinde önemli bir rol oynuyor. Bu da eğitimde adalet ve kalite sorununu ortaya çıkarıyor.

Bu eksikliklerin giderilmesi için, eğitim sisteminin bilimsel, katılımcı, demokratik ve ulusal bir vizyonla yeniden yapılandırılması, eğitim politikalarının uzun vadeli ve istikrarlı olması, eğitimde nitelik ve eşitliğin sağlanması, öğretmen ve yöneticilerin liyakat ve yeterlilik esasına göre seçilmesi ve desteklenmesi, eğitimde sınav baskısının azaltılması, öğrencilerin bireysel farklılıklarına ve ilgi alanlarına göre yönlendirilmesi, eğitimde teknoloji kullanımının artırılması, okulların fiziki ortam ve kaynaklarının iyileştirilmesi, eğitimde aile, sivil toplum, özel sektör ve medya gibi paydaşların işbirliği içinde olması gibi çeşitli önlemler alınması gerekiyor.